Op zich zijn er geen medicijnen die u bij de ziekte van Pompe moet vermijden. Wel is het belangrijk extra te letten op de mogelijke invloed van bepaalde medicijnen, bijvoorbeeld op uw hartritme. Dat kan onder andere spelen bij de behandeling van de klassieke vorm van de ziekte met de combinatie van enzymtherapie en immuunmodulatie. Daarom wordt in dat geval vaak een extra hartfilmpje (ECG) gemaakt.