Door de ziekte van Pompe verzwakt het middenrif, de koepelvormige spier die de borstkas scheidt van de buikholte. Het middenrif is de belangrijkste spier voor de ademhaling. Als deze spier verzwakt, wordt het moeilijker om diep genoeg adem te halen. Daardoor krijgt iemand te weinig zuurstof binnen en kan hij te weinig koolzuurgas (CO2) uitademen. Als koolzuurgas zich ophoopt in het bloed voelt iemand zich niet fit en is dat een extra risico voor zijn gezondheid. De medische term voor dit probleem is respiratoire insuffiëntie.