Ongeveer 20% van de patiënten krijgt bijwerkingen van Myozyme. De meest voorkomende klachten zijn algehele malaise, koude rillingen, rode huiduitslag en koorts. Deze bijwerkingen zijn meestal mild en gaan vaak ook voorbij. Ook kunnen ze worden teruggedrongen door het aanpassen van de snelheid van het infuus en/of door het toedienen van medicijnen die een allergische reactie helpen voorkomen, zoals tavegil of hydrocortison. Na een tijdje kan het gebruik van deze extra medicijnen meestal weer worden gestaakt.